V severojužnom smere meria 100 km a v západovýchodnom smere 16 km. Na území okresu Trnava zahŕňa národné prírodné rezervácie Hlboča a Záruby a prírodné rezervácie Bolehlav, Buková, Čierna skala, Katarína, Klokoč, Lošonský háj, Skalné okno a Slopy. Z ďalších chránených oblastí sa tu nachádza národná prírodná pamiatka jaskyňa Driny a prírodné pamiatky Čertov žľab, Ľahký kameň a Vyvieračka pod Bachárkou. Územie CHKO Malé Karpaty tvoria vo veľkej miere rozľahlé listnaté lesy, lúky a lesné čistiny. K chráneným druhom rastlín patrí napríklad kosatec, poniklec a klinčeky, k chráneným živočíšnym druhom zasa bocian, motýle a niektoré druhy chrobákov. Pohorie Malé Karpaty dosahuje na juhovýchodných svahoch nadmorskú výšku asi 300 až 400 m v okolí Bukovej a Dobrej Vody, resp. 400 až 500 m v okolí Horných Orešian. Najvyššie je v centrálnej časti, kde na hrebeni medzi Smolenicami a Bukovou leží aj ich najvyšší vrchol - Záruby (767 m). Táto časť Malých Karpát je najmalebnejšou oblasťou posiatou menšími vrchmi, ktoré prečnievajú ponad zarovnané vrcholové plošiny. Na vápencoch a dolomitoch sa vytvorilo množstvo krasových foriem, a to najmä pri Smoleniciach a v okolí Dobrej Vody. Z podzemných krasových javov je v CHKO Malé Karpaty známy najmä Smolenický kras, a to hlavne jaskyňou Driny, ktorá je jedinou verejnosti prístupnou jaskyňou na západnom Slovensku. Krasové územia v tejto časti Malých Karpát vystupujú ako zníženiny, krasové jamy a polia. Smolenický kras je pozoruhodným krasovým územím nachádzajúcim sa v juhovýchodnej časti pohoria. Rozprestiera sa na ploche 7 km2 a zaberá skupinu vápencových chrbtov okolo vrchu Driny (483 m). Budujú ho tmavosivé vápence, ktoré sú popretkávané množstvom puklín umožňujúcimi podzemné odvodňovanie územia. Povrchovými krasovými formami sú škrapy, ktoré možno nájsť na plošine vrchu Driny a Molpír a na svahu vrchu Cejtach. Kaňonovitý charakter má dolina Hlboča. Pozoruhodné je aj územie Dobrovodského krasu, ktoré má rozlohu asi 6 000 ha. Z krasových útvarov sa tu nachádzajú Dobrovodské údolie, vyvieračky Blava, Mariáš a Výtok, závrty, ponory a závrtové jazierka. Vyvieračky sa využívajú aj ako zdroje pitnej vody. Rastlinstvo Malých Karpát je druhovo bohaté. Na najnižšie položených južných svahoch rastú teplomilné a suchšie dubové lesy. Na slnečných miestach sú to zasa rôzne druhy krovín, tráv a bylín. Nad dúbravami sa nachádza bukový les. Medzi dubové a bukové lesy sa miešajú aj hrabiny. Vo vyšších polohách môžeme vidieť zmiešané lesy s javorom, brestom, jaseňom, hrabom, bukom a dubom. Predhoria Malých Karpát boli pred odlesnením porastené dubovými lesmi s javorom a lieskou. Vďaka polohe a teplému podnebiu na juhozápade Slovenska je v Malých Karpatoch unikátne a druhovo pomerne pestré aj živočíšstvo. Hojne zastúpené sú tu rôzne druhy chrobákov ako roháče, fuzáče a bystrušky, z motýľov babôčky, perleťovce, očkáne a iné, z plazov jašterice a užovky. Žijú tu vzácne druhy vtákov ako napríklad sokoly a orly.