Výstavba tohto monumentálneho chrámu neznamenala len prestíž pre mesto, ale zároveň sa stala vzorom nového konceptu sakrálnej architektúry v celej krajine. Reprezentatívny chrám jezuitskej Trnavskej univerzity, zvonka pomerne jednoduchý, no vo vnútri hýriaci farbami a zlatom, nechal v rokoch 1629 – 1637 vybudovať arcibiskup jezuita Peter Pázmaň na mieste zbúraného gotického kostola dominikánov.
Jezuitov do Trnavy povolal ostrihomský arcibiskup František Forgáč, ktorý pre nich našiel budovy bývalého dominikánskeho kláštora a Kostola sv. Jána Krstiteľa (predtým patriaceho rytierskemu rádu johanitov). Avšak kláštorná budova bola vo veľmi zlom stave, podobne aj kostol, kde v lodi spadla klenba. O zlom stave budov hovorila aj listina cisára Mateja II., ktorou ich pridelil jezuitom. Tí sa postarali aspoň o adaptáciu kláštora, takže už 1. augusta 1616 tu mohol nový ostrihomský arcibiskup Peter Pázmaň otvoriť kolégium. Jezuiti plánovali aj výstavbu nového chrámu, ktorá sa však pre nepokoje počas povstania Gabriela Betlena začala realizovať až v roku 1629. Donátorom chrámu, ktorý financoval stavbu, bol krajinský palatín Mikuláš Esterházi. Jezuiti zbúrali starý dominikánsky kostol a už 29. mája 1629 sa začalo s úpravou staveniska pre novostavbu. Mikuláš Esterházi zveril stavbu nového kostola talianskym majstrom Antoniovi a Pietrovi Spazzovcom. V sakristii kostola sa zachoval obraz Pietra Spazza, ako staviteľa univerzitného kostola,
Na základných stavebných prácach sa podieľali remeselníci z Trnavy i z okolia, okrem mestskej tehelne dodávala tehly i komunita anabaptistov (habánov) z Dechtíc. No výtvarnou výzdobou boli poverení aj ďalší umeleckí majstri spoza hraníc, na okázalej štukovej výzdobe pracovali vyše pol storočia talianski štukatéri G. B. Rooso, G. Tornini, Pietro Antonio Conti, či viedenskí maliari Carl Ritsch a Franz Joseph Graffenstein, ktorých monogramy sú zakomponované priamo v dvoch freskách.
O priebehu stavebných prác na novostavbe kostola máme len málo správ. Dozvedáme sa o nich napríklad z denníka jezuitu a prvého rektora Trnavskej univerzity Juraja Dobronokiho, ktorú v roku 1635 založil kardinál Peter Pázmaň. Nový jezuitský kostol, ktorý mal byť aj univerzitným kostolom, nebol ale v čase vzniku univerzity ešte dokončený.
Murárske práce boli zhruba skončené v lete 1637, takže sa mohlo pristúpiť k vysviacke chrámu. Prvú svätú omšu v chráme slúžil nový ostrihomský arcibiskup Imrich Lóši. Následne na to sa začalo so stavbou hlavného oltára, ktorý bol dokončený v roku 1640. Výzdoba interiéru chrámu prebiehala postupne v rokoch 1639 – 1700.
Dominantou interiéru je monumentálny hlavný oltár, považovaný za najväčší ranobarokový oltár strednej Európy. Hlavný oltár je ranobarokovým skvostom vyhotoveným v rokoch 1637 – 1640. Veľkolepá drevená stĺpová architektúra je vysoká 20,3 m a široká 14,8 m a je dielom viacerých sochárov, rezbárov a pozlacovačov (Viedenčania Baltazár Knilling a Vít Knoth, Trnavčan Vít Stadler a jeho pomocníci Ferdinand z Cífera a Kristián Knerr).
Hlavný oltár je štvoretážový, vertikálne delený bohato pozlátenými stĺpmi, horizontálne je zdobený pozlátenými rímsami. V druhej etáži dominuje maľba predstavujúca krst Krista v Jordáne, v strede tretej etáže je vyobrazené narodenie sv. Jána Krstiteľa a v hornej časti oltára je maľba zobrazujúca Pannu Máriu na návšteve u sv. Alžbety. Celý oltár i sochy sú polychrómované. Kazateľnica na ľavom chrámovom pilieri pochádza z roku 1637. Na parapete sú plastiky cirkevných otcov a socha Madony, na baldachýne v podobe kráľovskej koruny je socha Krista s krížom, na stene sv. Ján Krstiteľ ako chlapec.
Okrem výtvarného bohatstva bola neoddeliteľnou súčasťou všetkých slávnostných bohoslužieb i akademických slávností hudba. Pre početný hudobný súbor bola vytvorená dvojpodlažná hudobná tribúna. Jedno z podlaží zrejme patrilo inštrumentalistom, zbor zložený najmä zo študentov a seminaristov, spolu so sólistami, mal k dispozícii druhé podlažie.
Na bočných stenách svätyne medzi emporovými a oratóriovými oknami sú umiestnené drevené mortuáriá – smrtné štíty (na ľavej strane Mikuláša, Daniela, Alexandra a Františka Esterháziho, na pravej strane Ladislava, Štefana, neznámeho člena Esterháziovcov a Imricha Očkaja
Hlavný zdroj finančných prostriedkov nákladnej stavby poskytoval mecén, palatín Mikuláš Esterházy z Galanty, a v jeho práci neskôr pokračoval syn Pavol. Okrem toho, že kostol slúžil jezuitom a Trnavskej univerzite, mal aj sepulchrálnu (pohrebnú) funkciu, ktorá bola v niektorých prípadoch zdôrazňovaná aj špeciálnou príležitostnou dekoráciou.
Aj preto sa pod chrámom rozprestiera krypta, ktorá slúžila ako pohrebné miesto pre rodinu Esterháziovcov a iných popredných šľachticov Uhorska a prirodzene aj pre zosnulých členov jezuitského rádu. Jezuiti prisľúbili Mikulášovi Esterházimu pochovávanie príslušníkov jeho rodiny až po štvrtú generáciu za obety, ktoré priniesla pri výstavbe chrámu. V roku 1641 tu bola s neobyčajným prepychom pochovaná palatínova manželka Kristína Ňáriová a v roku 1645 aj sám donátor chrámu Mikuláš Esterházi. V krypte boli pochovaní aj štyria synovia palatína Mikuláša Esterháziho – Ladislav, František, Gašpar a Tomáš, ktorí padli v bitke s Turkami 26. augusta 1652 pri Vozokanoch. S ich smrťou sa spája aj kliatba Mikuláša Esterháziho. Z ďalších známych členov rodu tu boli pochovaní Daniel, Alexander a Štefan Esterházi. Spomedzi členov jezuitského rádu pochovaných v krypte kostola treba spomenúť pátra Jána Simonidesa, ktorý bol 31. októbra 1674 v Turej Lúke zavraždený z nenávisti ku Katolíckej cirkvi. Zo strany jezuitov bolo najmä v 1. polovici 20. storočia vyvíjané úsilie o jeho blahorečenie. V roku 1980 bolo odhalené zničenie sarkofágov rodiny Esterháziovcov a poškodenie hrobov jezuitov zo strany vojakov sídliacich v susedných kasárňach.
Pravdepodobne už v prvej polovici 18. storočia sa uskutočnila oprava chrámových striech, pri ktorej bola odstránená sanktusová vežička, ktorá bola na strechu vrátená až pri rekonštrukcii v 90. rokoch.
Ku komplexnému reštaurovaniu katedrálneho Chrámu sv. Jána Krstiteľa sa pristúpilo až po roku 1989. Reštauračné práce prebiehajú až doteraz.
V roku 2003 katedrálny chrám navštívil pápež Ján Pavol II., čo pripomína aj jeho bronzová socha umiestnená pred chrámom.
Zdroj obsahu: abu.sk, vitajtevtrnave.sk